verify / repair / quality-check
维护命令用于保持记忆健康。
verify
engram verify
engram verify --sources
engram verify --sources --json
检查哈希以确保完整性。在手动编辑或导入之后运行。
--sources 还会将 take-control 记忆的 source_files 与其 source_hashes 重新进行哈希比对，并将已更改或缺失的来源记录到本地、被 gitignore 的 .agents/.engram/stale.json 中。过时的来源绝不会导致 verify 失败：load 会降低过时记忆的排名，并在其卡片末尾加上 (stale)，而 engram take-control --refresh 会为它们提出更新。来源路径必须位于工作区之内；绝对路径、..、符号链接和硬链接、secret 文件、.git 以及 Engram 数据会被报告为未检查，且绝不会被读取。在 --json 中，skipped 列出 {key, reason} 对象。全局 take-control 记忆会记录其来源的工作区，并且仅在该工作区中被检查。
stats
engram stats
engram stats --usage
--usage 会读取本地、被 gitignore 的 .agents/.engram/usage.json，并显示 agent 实际通过 engram load --id 获取了哪些记忆，以及哪些记忆被注入但在 30 天内从未被获取。
repair
engram repair
engram rebuild-index
在手动编辑或导入之后，使用 repair 查找被索引重建跳过的格式错误的记忆文件。
engram repair --move-backups
engram repair workspace --move-backups --confirm
--move-backups 会计划将散落在 rules、skills 和 knowledge 中的 *.bak 迁移备份文件，移动到被 gitignore 的 backups/<kind>-<label>/ 文件夹中（例如 backups/schema-v3/rules/x.md.pre-v3.bak）。添加 --confirm 才会实际移动；目标位置已存在不同文件时，会被报告为冲突并保持原样。engram doctor 会将这些文件报告为 memory.stray_backups。
quality-check
engram quality-check
以精简方式报告矛盾候选。矛盾检测是启发式的，仅供参考。
graph
engram graph "package manager"
engram graph --rebuild
在归档之前检查图路由。手动编辑之后运行 engram graph --rebuild。
archive
engram archive --reason "Repo migrated to npm." rules/use-pnpm.md
归档错误或已被取代的记忆。为便于审计，请使用归档而不是删除。该文件只有在获得批准后才会离开活动路由，并保留在 archive/ 之下。
resolve-conflicts
engram resolve-conflicts --dry-run --metacognize
engram resolve-conflicts --metacognize
预览或仅解决由 Engram 拥有的工作区记忆冲突。当希望 agent 在冲突处理之后审阅记忆文件夹时，请添加 --metacognize。该命令会将确定性的冲突处理范围限定在 .agents/.engram/ 内，然后附加工作区 metacognize 来源包，以生成简明的 TYPE/TEXT 候选。
benchmark
engram benchmark
检索回归检查。